برنامه پژوهشی جندی‌شاپور توسط مرکز مطالعات و همکاری‌های علمی بین‌المللی و بخش همکاری و فعالیت فرهنگی سفارت فرانسه با فراخوان سالانه اجرا می‌شود. این برنامه از سال 1383 آغاز شده است، و هدف آن ارتقاء و گسترش همکاری‌های علمی پژوهشی میان پژوهشگران دو کشور ایران و فرانسه می‌باشد.
نوع حمایت: 
در صورت پذیرش طرح پیشنهادی، مبلغ 600 میلیون ریال از طرف مرکز مطالعات و همکاری‌های علمی بین‌المللی برای پژوهشگران ایرانی و از طرف نماینده فرانسه بودجه ای برای پژوهشگران فرانسوی اختصاص داده می‌شود. در مقابل پژوهشگران ملزم هستند که گزارشی سالانه از پیشرفت طرح و فعالیت‌های انجام شده در خصوص چاپ مقالات در مجلات معتبر و برگزاری حداقل یک نشست علمی، در صورت امکان با حضور طرف فرانسوی ونماینده علمی مرکز در ایران صورت پذیرد. مدت پروژه‌هایی که همراه با آموزش در سطح دکتری یا پسا دکتری می‌باشند، حداکثر دو سال است. 
در قسمت "سپاسگزاری" مقالات چاپ شده باید از مرکز مطالعات و بخش فرهنگی سفارت فرانسه به عنوان حامی پژوهش قدردانی گردد. جملاتی که باید در قسمت سپاسگزاری ذکر شوند عبارتند از:

. "Cette Recherche a ete soutenue par l'Ambassade de France en Iran et l'CISSC"

 
اولویت‌های پژوهشی: 
برنامه جندی‌شاپور شامل طرح‌های مشترک پژوهشی در تمامی حوزه‌های تخصصی از جمله علوم انسانی و اجتماعی (حقوق، اقتصاد و مدیریت و...)، علوم پزشکی، علوم فنی و مهندسی، علوم پایه، علوم محیط زیست و زیست‌شناسی است که با در نظر گرفتن اولویت‌های پژوهشی مورد تصویب کمیته‌های علمی دو کشور قرار گرفته است. طرح‌هایی که شرایط ذیل را دارا باشند، در اولویت قرار می‌گیرند: 
• طرح‌هایی که موجب همکاری چند آزمایشگاه یا موسسه مختلف ایرانی و فرانسوی شوند؛ 
• طرح‌‌هایی که کمک به توسعه، به ویژه توسعه اجتماعی- اقتصادی کنند.
• طرح‌هایی که در چارچوب اولویت‌های مرکز مطالعات قرار گیرند.
شرایط شرکت در برنامه: 
1. تصویب طرح توسط یکی از موسسات پژوهشی یا دانشگاه‌های وزارت علوم، تحقیقات و فناوری؛ 
2.  انتخاب یک نماینده بعنوان مسئول طرح برای طرح‌‌هایی که چند موسسه یا دانشگاه در آن مشارکت دارند؛ وابستگی شغلی (Affiliation)  مجری باید از دانشگاه های مربوط به بند 1 شرایط شرکت باشد.
3. متقاضی شرکت در برنامه جندی شاپور نبایستی قرارداد جاری در سایر برنامه های مرکز داشته باشد و در صورتی که طرح مشترکی داشته، از مدت اختتام آن یک سال گذشته باشد تا مشمول استفاده از حمایت مالی این برنامه شود.
مدارک مورد نیاز: 
1. تکمیل فرم شرکت در برنامه پژوهشی جندی‌شاپور از طریق وبگاه مرکز (نسخه چاپ شده این فرم جداگانه به مرکز ارسال شود)؛
2. معرفی پژوهشگر از سوی معاونت پژوهشی پژوهشگاه یا دانشگاه متبوع (زیر مجموعه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری)؛
3.  ارائه نام و نشانی کامل ، نشانی پست الکترونیکی و CV محققان فرانسوی و ایرانی به عنوان مجری طرح به همراه همکاران، (لازم به ذکر است تنها کسانی می‌توانند از برنامه جندی‌شاپور استفاده کنند که اسامی آن‌ها پیش از تصویب طرح به عنوان همکار طرح در فرم ثبت‌نام ذکر شده باشند. 
4.  ارائه نامه‌ای از طرف همکار فرانسوی مبنی بر موافقت به همکاری در طرح مربوطه؛
کلیه مدارک فوق باید به زبان فارسی به مرکز مطالعات و همکاری‌های علمی بین‌المللی ارسال گردد. به جز مورد 4 که بایستی به زبان انگلیسی باشد.
* به پرونده‌های ناقص ترتیب اثر داده نمی‌شود. 
 
تذکر: محقق ایرانی طرح بهتر است از ارسال همزمان تقاضا توسط طرف فرانسوی به تصویب کننده طرح در فرانسه اطمینان حاصل کند. در صورتی که یکی از طرفین در موعد مقرر تقاضایشان را به همراه کلیه مدارک درخواستی به موسسه مسئول ارسال نکند، پرونده مورد بررسی قرار نخواهد گرفت.
آخرین مهلت تحویل مدارک روز 10 تیرماه 1399 ، 30June, 2020 می باشد.
برای کسب اطلاعات بیشتر می‌توانید به وبگاه مرکز مطالعات و همکاری‌های علمی بین‌المللی به نشانی http://www.cissc.ir مراجعه و یا با شماره تلفن:  95-88919894 تماس حاصل فرمایید.    
 بررسی مدارک به طور همزمان توسط گروه متخصصان هیأت علمی، فناوری و آموزشی (Mission Scientifique, Technique et Pédagogique - MSTP) و کارگروه‌های تخصصی مرکز مطالعات و همکاری‌های علمی بین‌المللی انجام می‌شود. جلسه کمیسیون مشترک متخصصان برای تصمیم‌گیری نهایی و اعلام نتایج به متقاضیان نیمه دوم آذر‌ماه انجام خواهد شد.

سامانه طوبی